Фамилия Кайнэряну — почти наверняка румынского или молдавского происхождения. Об этом говорит характерный суффикс «-яну», который в румынской ономастике выполняет ту же роль, что и русские «-ов» и «-ин»: он указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. Так, «Кайнэряну» буквально означает «сын (или потомок) Кайнэря». В русской передаче фамилия сохранила молдавское произношение, где «э» звучит отчётливо, в отличие от литературного румынского.

Основа фамилии — «кайнэря» (câinărea) — в румынском языке имеет прямое отношение к слову «câine» (собака). Речь не идёт об оскорбительном прозвище. В молдавских и румынских сёлах так могли называть человека, который занимался разведением или дрессировкой собак, был псарем. Также это могло быть прозвище, данное за верность, преданность или, наоборот, за сварливый, «собачий» нрав. В любом случае, прозвище Кайнэря было широко распространено в исторической Молдавии, а фамилия Кайнэряну — одна из его производных.

Географически фамилия чаще всего встречается в Молдавии и среди молдавской диаспоры в России и Украине. В Румынии она тоже есть, но реже, так как в румынском языке более распространён вариант «Кынеряну» (Câinerianu). Разница в написании на русском («Кайнэряну» вместо «Кынеряну») — верный признак того, что предки носителя жили на левом берегу Прута, в Бессарабии, где молдавский говор дольше сохранял архаичное произношение.

Сословной принадлежности у фамилии нет. Кайнэряну могли быть как свободными крестьянами-царанами, так и мещанами. В документах XIX — начала XX века эта фамилия встречается в метрических книгах православных церквей Бессарабской губернии, преимущественно в Хотинском и Оргеевском уездах. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель «Кайнэряну» — одна из многих в ряду: Пэдуряну (от пэдуре — лес), Лунгуляну (от лунг — длинный), Бэлану (от бэлан — белокурый). Все они построены по одному принципу: прозвище плюс суффикс принадлежности. Так что Кайнэряну — это не редкая аномалия, а типичная для Молдавии фамилия, корни которой уходят в сельский быт и народную наблюдательность.