Фамилия Каюбалиев — редкая и, скорее всего, поздняя по происхождению. Её основа — личное мужское имя Каюбали. Чтобы понять значение, нужно разобрать это имя на части. Первая часть, «Каю», восходит к арабскому «Каюм» (аль-Кайюм) — один из эпитетов Аллаха в исламе, означающий «Вечносущий», «Самодостаточный». Вторая часть, «бали», может быть искажённой формой арабского «бали» или тюркского «бали»/«бала» (дитя, ребёнок). Таким образом, имя Каюбали можно интерпретировать как «Раб Вечносущего» или «Дитя Вечносущего» — типичная для исламского мира теофорная конструкция, где имя содержит отсылку к Богу.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае суффикс добавлен к тюркизированной форме имени Каюбали. Такая модель характерна для народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, которые в XIX–XX веках получали фамилии через русское делопроизводство. Фамилия буквально означает «сын Каюбали» или «принадлежащий роду Каюбали».

С географической точки зрения фамилия Каюбалиев тяготеет к регионам с тюрко-мусульманским населением: её можно встретить среди татар, башкир, казахов или народов Дагестана. Точное происхождение конкретной ветви можно установить только по семейным архивам или региональным переписям, но общая логика подсказывает, что предок носителя фамилии был человеком верующим, возможно, муллой или просто набожным крестьянином, который назвал сына в честь одного из имён Всевышнего.

Спорных версий у этой фамилии практически нет: корень прозрачен, а суффикс стандартен. Единственный нюанс — возможна вариация написания через «-ов» (Каюбалиов), но форма на «-ев» грамматически правильнее для такой основы. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Ахметов, Каюбалиев не даёт статистически значимого числа носителей, поэтому каждый случай её бытования — это, скорее всего, отдельная родовая линия, не связанная с другими однофамильцами.