Фамилия Каюпов происходит от мужского личного имени Каюп. Его основа — арабское слово, которое переводят как «вечно живой», «не меняющийся, твердый, надежный». В исламской традиции это одно из имён Аллаха, что придавало имени особый сакральный смысл.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому в русском языке типу: к основе на согласный прибавили суффикс -ов. Такая модель означает принадлежность — буквально «сын Каюпа» или «из рода Каюпа». Встречаются и варианты написания: Каюпов — самая частая форма, а также Каюпович (в отчествах) и Каюпова (женская форма).

Географически фамилия бытует в основном в регионах с традиционно мусульманским населением России: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Астраханской областях. Встречается она и у казахов, узбеков, киргизов, где форма Каюпов или Каюпова также образована от того же корня.

Интересная деталь: в отличие от многих арабских имён, которые входили в русский обиход через тюркское посредничество и меняли звучание (например, Абдулла — Абдулов), имя Каюп сохранило исходную огласовку почти без изменений. Это говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии в документах — скорее всего, не раньше второй половины XIX века, когда в Российской империи начали массово фиксировать фамилии у мусульманских народов.

В дореволюционных метрических книгах Каюповы записаны как крестьяне или мещане. Сословной элиты среди носителей фамилии не прослеживается — это обычная патронимическая фамилия, которую давали по имени отца, не указывая на занятие или социальный статус семьи.