Фамилия Каюпова образована от мужского имени Каюп. В основе лежит арабское слово, которое переводят как «вечно живой», «твердый» или «надежный» — это одно из имён Аллаха в исламской традиции. Поэтому фамилия напрямую связана с религиозным контекстом: имя Каюп давали мальчикам в тюрко-мусульманской среде, в первую очередь у татар, башкир и народов Средней Азии.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия типична для русского языка, но с национальным корнем. Суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «Каюпова» буквально означает «дочь (или жена) Каюпа». Такая модель массово закрепилась у крещёных татар и других народов после введения обязательных фамилий в Российской империи в XIX веке. В отличие от чисто русских фамилий, здесь основа не славянская, а заимствованная из арабского через тюркские языки.

Процесс формирования фамилий у татар и башкир шёл неравномерно. У родовой знати фамилии появились раньше, у простых крестьян — позже, нередко в 1870–1890-е годы. Поэтому точное место и время возникновения рода Каюповых можно установить только по конкретным генеалогическим записям — метрическим книгам мечетей или ревизским сказкам. Однако географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, что совпадает с историческим расселением волго-уральских татар.

Редкая деталь: у фамилии есть вариант с другим суффиксом — Каюпин. Он встречается реже, но образован по той же модели через суффикс -ин, который в русском языке обычно крепится к основам на -а или -я. Появление Каюпина вместо Каюпова может указывать на разную адаптацию имени в конкретных говорах или на ошибки писцов при записи. В целом же обе формы восходят к одному корню и не меняют смысла фамилии.