Фамилия Каюповы образована от мужского имени Каюп. Это имя — арабское, одно из имён Аллаха, и означает «вечно живой», «не меняющийся», «твёрдый и надёжный». В тюркской среде имя прижилось вместе с исламом, а на русской почве закрепилось по той же модели, что и тысячи других фамилий: к основе добавили типичный русский суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Получилось буквально «сын Каюпа» или «из рода Каюпа».

Сами Каюповы, скорее всего, были не из одного корня. В XV–XVII веках носители тюркских имён нередко оказывались в русских землях — выходили из Золотой Орды, из половецких или печенежских кочевий. Многие из таких людей поступали на русскую службу, получали земли, входили в дворянство. Поэтому фамилия Каюпов могла появиться и у служилого человека, и у крещёного татарина, и у простого крестьянина, которого записали по имени отца.

Важно не путать Каюповых с фамилией Каюмов, хотя они близки по звучанию. Каюм — другое арабское имя («сущий», «поддерживающий жизнь»), а Каюп — самостоятельное. В некоторых диалектах и записях эти имена путали, но в целом фамилии разошлись.

Сейчас Каюповы встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахских и башкирских родов. Фамилия не самая частая, но устойчивая — её не «переделывали» в более русскую форму, а сохранили в исходном виде.