Фамилия Каюсова — редкий пример того, как одно и то же слово могло возникнуть из совершенно разных языковых традиций. У неё как минимум две версии происхождения, и обе имеют право на существование.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с христианским именем Гай. В русской народной среде латинское имя Gaius («радость», «удовольствие») нередко преобразовывалось в диалектные формы — Кай, Каюс. В Новом Завете упоминается несколько носителей этого имени: Гай Македонянин, спутник апостола Павла, и Гай, любимый ученик апостола Иоанна. От разговорной формы Каюс через стандартный патронимический суффикс -ов и образовалась фамилия.

Вторая версия выводит фамилию из немецкого прозвища Каус (Kaus), которое давали уроженцам местечка Куэс (Kues) на берегу реки Мозель. Название поселения, вероятно, восходит к позднелатинскому covis — «сарай» или «конюшня». В русском языке немецкое прозвище могло адаптироваться как Каюс, а затем обрасти славянским суффиксом принадлежности. Этот путь менее типичен для русских фамилий, но возможен в регионах с немецким влиянием.

Поскольку обе гипотезы опираются на личное имя или прозвище, фамилия Каюсова в любом случае отвечает на вопрос «чей?» — то есть указывает на потомка человека по имени или прозвищу Каюс.

В документах фамилия встречается редко. Например, в Книге памяти Свердловской области записан Каюсова Александр Иванович, 1899 года рождения, уроженец Великолукского уезда Псковской губернии. Эта запись показывает, что фамилия бытовала на северо-западе России, где пересекались разные языковые и культурные влияния.