Фамилия Казакунова — женская форма от Казакунов, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. Модель образования здесь — «основа + -ун + -ов». Суффикс -ун в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на деятеля: от глагола он образует имя по действию (бегун, говорун, плясун). В основе фамилии — прозвище Казак, но не в значении «вольный воин», а скорее как указание на род занятий или социальный статус. Казаками в XVI–XIX веках называли не только донских и запорожских казаков, но и наёмных работников, батраков, а в некоторых говорах — бойких, удалых людей. Суффикс -ун добавляет к этому прозвищу оттенок постоянного свойства или склонности: Казакун — тот, кто ведёт себя как казак, либо человек, который казакует, то есть служит или промышляет по-казацки. Таким образом, Казакунов — буквально «сын Казакуна», потомок человека, закрепившего за собой такое прозвище.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где казачество было историческим явлением. В переписях XIX века Казакуновы встречаются в Воронежской, Курской и Херсонской губерниях, а также среди однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные границы. Однодворцы часто носили фамилии, образованные от прозвищ, и держались обособленно, что могло закрепить прозвание за целым родом. В отличие от фамилий на -ский, которые нередко указывали на дворянское происхождение, Казакунов — типично крестьянская или мещанская фамилия, без сословного налёта.

Спорных версий у фамилии немного. Можно предположить, что основа происходит от тюркского «казак» — «свободный человек», но это не меняет сути: прозвище всё равно отсылает к казачеству, а не к этнониму. Вариант с польским «kazak» (также казак) маловероятен, так как суффикс -ун нехарактерен для польской ономастики. Единственная деталь, которую стоит отметить: в некоторых говорах «казакун» означало не человека, а коня казацкой породы — низкорослого, выносливого. Тогда прозвище мог дать владелец такого коня или сам человек, прозванный за сходство с лошадью. Но эта версия менее распространена, и прямое значение «потомок казака» остаётся основным.

Фамилия нечастотная, и известных носителей с громкой историей нет — это рядовая фамилия, за которой стоит конкретная бытовая логика: предка прозвали Казакуном за характер или занятие, а потомки унаследовали это прозвание как родовое имя.