Фамилия Казаркин образована от прозвища или мирского имени Казарка. Основа — название небольшого гуся из семейства утиных. Казарка мельче обычного гуся, отличается короткой шеей, быстрыми движениями, ярким оперением, хорошо плавает и ныряет. Гнездится эта птица преимущественно в пределах России, в ограниченных северных районах.

По одной версии, Казаркой называли человека, который поведением или внешностью напоминал эту птицу — например, был подвижным, невысоким, шустрым. По другой версии, имя Казарка давали ребёнку как мирское, обережное: родители надеялись, что природа примет малыша как своего и передаст ему полезные качества птицы — выносливость, ловкость, умение выживать. Такие имена до крещения или наряду с крестильным именем были распространены в славянской традиции.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Казаркин буквально означает «сын Казарки» или «из семьи Казарки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. В некоторых говорах прозвище могло звучать как Казарок, тогда фамилия приняла бы форму Казарков, но вариант Казаркин встречается чаще.

Фамилия Казаркин — не только памятник славянской культуры, но и отражение народной наблюдательности: люди веками подмечали черты животных и птиц и переносили их на человеческие характеры. Точное время и место возникновения фамилии установить сложно — такие фамилии могли появиться независимо в разных регионах, где водилась казарка или где бытовало соответствующее прозвище. Для окончательных выводов нужны генеалогические исследования по конкретной ветви рода.