Фамилия Казаркин образована от прозвища или нецерковного имени Казарка. В основе лежит название водоплавающей птицы — казарки, мелкого гуся с короткой шеей, ярким оперением, который отлично плавает и ныряет. Гнездится эта птица в основном в пределах России. Казаркой могли прозвать человека, который походил на неё внешне или повадками — например, был быстрым, подвижным, невысоким. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Казаркин значит «сын Казарки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён.

Существует и вторая, более глубокая версия. Казарка могла быть мирским именем, которое давали ребёнку до крещения. В дохристианской традиции такие имена от названий животных и птиц выполняли обережную функцию: родители надеялись, что природа примет младенца как своего, а полезные качества птицы — ловкость, выносливость, связь с водой — перейдут к нему. Со временем это именование закрепилось за человеком и перешло в фамилию.

Обе версии не противоречат друг другу: прозвище и мирское имя могли сосуществовать. Фамилия Казаркин — одна из тех, что несут в себе отпечаток народной культуры, где мир природы был тесно переплетён с повседневной жизнью. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, что совпадает с ареалом гнездования птицы.