Фамилия Казачкина — женская форма, образованная от мужской фамилии Казачкин. В основе лежит прозвище Казачок. Его давали не обязательно казаку по службе: в крестьянской и мещанской среде «казачком» могли называть бойкого, независимого человека или, наоборот, мальчика-слугу в барском доме (вспомните «казачка» в помещичьем быту). Слово «казак» пришло из тюркских языков, где имело несколько значений: «скитаться, бродить», «смелый, проворный», а также «неженатый, холостой» или «зверь, отлучившийся от стада». Прозвище Казачок могло указывать и на род занятий, и на характер — свободный, самостоятельный человек, не терпящий принуждения.

Суффикс -ин в фамилии Казачкин — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Казачкин, то есть сын Казачка. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто фиксировались в южнорусских и центральных губерниях, где прозвища на -ок были особенно употребительны. Родственные фамилии — Казаков, Казаченко, Казачков — различаются только суффиксами, что говорит о разном времени и регионе оформления. У Казачкиных основа сохранила уменьшительно-ласкательную форму прозвища, что встречается реже, чем прямая основа «Казак». Именно эта деталь делает фамилию более редкой и указывает на возможное происхождение из среды, где прозвище давали по бытовой, неофициальной черте.