Фамилия Казнаховская — редкий случай, когда географический суффикс -ск-/-цк- наложился на основу, которая сама по себе указывает на место. В отличие от большинства «дворянских» фамилий на -ский, которые часто искусственно образовывали от названий имений, Казнаховская скорее всего с самого начала была прозвищной, а не топонимической. Её ядро — «казнаха» или «казнах». Это не литературное, а диалектное слово, бытовавшее в юго-западных русских землях и в Беларуси. «Казнаха» — человек, ведающий казной, то есть казначей, или, в более широком смысле, тот, кто хранит и распределяет общее добро. В некоторых говорах так называли не просто служащего, а эконома, управляющего хозяйством в крупном поместье или монастыре.

Суффикс -овск-/-евск- в этом случае работает не по модели «чей?» (как Иванов), а по модели «откуда?» или «какой?». Фамилия могла родиться двумя путями. Первый: сына казначея (казнахи) прозвали Казнаховским — «из рода того, кто казнаха». Второй, более вероятный: так называли человека, который жил в усадьбе или деревне, принадлежавшей человеку по прозвищу Казнах, — то есть Казнаховский хутор, Казнаховская слободка. На картах XIX века встречаются урочища с похожими названиями в Могилёвской и Черниговской губерниях. Именно оттуда, с территории бывшего Великого княжества Литовского, фамилия и пошла.

Форма Казнаховская — женская, мужской вариант будет Казнаховский. Ударение, судя по типичной модели (сравните: княжна́ — князёвский, казна́ — казначе́й), падает на второй слог: Казнахо́вская. Встречается и вариант с ударением на третий слог — Казнаховска́я, но он вторичен, возник под влиянием письменной речи.

Сословная принадлежность носителей этой фамилии неоднородна. В ревизских сказках XIX века Казнаховские записаны и как мещане, и как однодворцы, и как дворяне (в основном мелкопоместные, получившие дворянство по выслуге или за военную службу). Это значит, что фамилия не была привилегией одного класса — её носили и потомки сельского казначея, и обедневшие шляхтичи, чей предок когда-то управлял чьей-то казной. В отличие от фамилий вроде Казновский (от «казна» напрямую), форма Казнаховский сохранила в основе уменьшительный или оценочный оттенок — не просто казну ведающий, а сам «казнаха», человек, которого так прозвали за характер или должность.