Фамилия Казнаков образована от прозвища или нецерковного имени Казнак. В основе лежит слово «казна» — государственная казна, имущество, деньги. Казнаком в старину называли казначея, то есть человека, ведавшего казной, хранителя денег и ценностей. В дворовых и приказных людях Московской Руси казнаки были заметными фигурами: они отвечали за сохранность средств, вели учёт и нередко пользовались доверием князя или боярина. Таким образом, первый носитель фамилии либо сам служил казначеем, либо получил прозвище за скопидомство, бережливость или, напротив, за богатство.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Казнаков буквально значит «сын Казнака». Фамилия относится к числу «профессиональных» прозвищных фамилий, которые закрепились за потомками человека по его занятию. Аналогичным образом возникли фамилии Казнов, Казнин, Казновский — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания людей с прозвищем Казнак: например, в переписных книгах Новгорода и Пскова записаны крестьяне и посадские с таким именем, что говорит о широкой географии бытования.

В дворянских родословных фамилия Казнаков тоже известна. Один из родов Казнаковых внёсён в VI часть родословной книги Тамбовской губернии, что указывает на древнее происхождение — до 1685 года. Однако основная масса носителей фамилии — потомки крестьян и мещан, получивших фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Встречается фамилия в центральных и южных губерниях России, особенно в Тамбовской, Рязанской и Пензенской областях.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Казнакова пытаются связать с тюркским словом «казнык» (сундук, ларь), но это менее вероятно: фамилия явно славянская по модели и корню, а тюркские заимствования в русском языке обычно давали другие суффиксы (например, Казначеев). Поэтому основная и самая правдоподобная версия — от «казнака» как казначея.