Фамилия Кдюковкина — редкий случай, когда написание ставит больше вопросов, чем основа. Сочетание «кд» в начале слова для русского языка нетипично: исконные слова с таким стечением согласных почти отсутствуют (в памяти всплывают разве что «кдв» в старых аббревиатурах). Скорее всего, мы имеем дело с акающим произношением, которое закрепилось на письме. Фамилия могла возникнуть от прозвища Кдюковка, а то, в свою очередь, — от диалектного глагола «кдюкать» или «кдюкнуть». В некоторых южнорусских и украинских говорах так могли называть человека, который говорил быстро, невнятно или с характерным призвуком — «кдю-кдю». Другой вариант: «кдюк» — звукоподражание удару или щелчку, и прозвище дали мастеру, который работал с резким, отрывистым звуком: кузнецу, плотнику или тому, кто колол орехи.

Суффикс -овк- в основе (Кдюковк-ин) указывает на принадлежность: сначала появилось прозвище Кдюк, от него — фамилия на -ов (Кдюков), а затем, по распространённой модели, образовалась форма на -кин, то есть «чей?» — Кдюковкин. Финальное -а — это женский вариант, который в быту и документах закрепился за женщиной, но сама фамилия в мужском роде звучала бы как Кдюковкин. Такая цепочка (Кдюк → Кдюков → Кдюковкин) встречается нечасто, обычно фамилии на -кин образуются сразу от имени или прозвища на -а/-я (например, Фомин — от Фома), но здесь — вторичное образование от уже существующей фамилии, что говорит о сравнительно позднем возникновении, возможно, в XIX веке.

Географически фамилия Кдюковкина почти не встречается в открытых источниках и переписях. Это может быть локальное, почти угасшее прозвание, записанное в каком-то одном селе. Если искать параллели, то однокоренные фамилии Кдюков, Кдюкин — тоже редкость; они не попали в основные ономастические справочники, что подтверждает их узкорегиональный характер. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, эта сохранила черты живой диалектной речи, которые при письменной фиксации исказились. Таким образом, предки носительницы фамилии Кдюковкина — скорее всего, крестьяне из мест, где «кдюкали», а сама фамилия — свидетельство того, что когда-то их прозвали за особенность речи или звук работы.