Фамилия Клюковкина — женская форма от Клюковкин, и её разбор лучше начать не с корня, а с суффикса. Перед нами редкая для русских фамилий модель: основа на -к- плюс суффикс -ин. Обычно -ин присоединяют к основам на -а/-я (Петров — Петин, сокол — Соколин), а здесь основа Клюковк- — с двойным уменьшительным суффиксом. Это сразу говорит о том, что фамилия образована не от прямого названия ягоды «клюква», а от производного прозвища или имени.

Самая прямая версия: прозвище Клюковка дали человеку за цвет лица — ярко-красный, с синеватым отливом, как у клюквы. В северных и центральных губерниях России такое сравнение было понятным и обидным: клюква ассоциировалась с кислятиной и болотом. Однако прозвище могло быть и «сладким» — так могли называть любителя клюквы, сборщика ягод или торговца ею. Второй вариант: Клюковка — это уменьшительная форма от нецерковного имени Клюква. Имена по ягодам и растениям (Рябина, Калина, Малина) в допетровской Руси встречались, хотя и реже, чем по животным.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку: Клюковкины чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской, Кировской областях и в Пермском крае. Это регионы, где клюква — промысловая ягода, а болота — часть пейзажа. В центральных и южных областях фамилия редка, что косвенно подтверждает её «болотное» происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный штрих. Есть Клюквин (от «клюква»), Клюков (от «клюк» — журавлиный крик или отчество от Клюк), Клюкин (от диалектного «клюка» — клюшка, хитрость). Клюковкин стоит особняком именно из-за двойного суффикса: это не просто «сын Клюквы», а скорее «сын Клюковки» — то есть прозвище было настолько устойчивым, что его уменьшительная форма стала родовым именем.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Клюковкины встречались и среди крестьян (особенно в Вологодской губернии), и среди мещан, и даже в купечестве — например, в Перми в XIX веке. Но массового дворянского рода не было, что типично для фамилий от прозвищ по природным объектам.