Фамилия Клюков в основе своей имеет прозвище Клюк или прямое указание на ягоду — клюкву. Но здесь интереснее не столько корень, сколько то, как именно образовалась фамилия и в каких регионах она встречается чаще всего.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Клюка). Основа Клюк- могла возникнуть двумя путями. Первый — напрямую от названия болотной ягоды. Прозвище Клюква или Клюка давали человеку с румяным лицом, рыжими волосами или, напротив, с кислым, ворчливым характером. В русских говорах слово «клюка» имело и другое значение — клюка, палка с загнутым концом, посох. Такое прозвище мог получить хромой, горбатый или просто старик, опирающийся на клюку. Оба значения правдоподобны, но второе встречается в исторических документах чаще: в новгородских и псковских писцовых книгах XV–XVI веков фиксируются люди с прозвищем Клюка, и это были не обязательно старики, а скорее обладатели характерной походки или фигуры.

С географией у фамилии есть своя особенность. Клюковы — не редкая фамилия, но заметно тяготеет к северным и центральным областям России: Архангельская, Вологодская, Костромская, Нижегородская губернии. Это логично: клюква — северная ягода, а слово «клюка» в значении «палка» хорошо сохранилось именно в северных говорах. В южных регионах фамилия встречается реже, что косвенно подтверждает связь с местными диалектами.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Клюков не выделяется в отдельную статью, но модель разбирается на примере других «ягодных» фамилий: Калинин, Малинин, Клюквин. Интересно, что форма Клюков встречается реже, чем Клюквин, хотя оба образованы от одного корня. Разница в суффиксе: -ин добавляется к основам на -а (Клюква — Клюквин), а -ов — к основам на согласный (Клюк — Клюков). Значит, предок носителя фамилии Клюков звался не Клюквой, а именно Клюком — либо сокращённой формой прозвища, либо самостоятельным именованием.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Клюков стоит в одном ряду с Клюкиным, Ключниковым, Клюевым. Последняя, кстати, тоже могла быть связана с клюкой, но чаще возводится к слову «клюй» (птица) или глаголу «клевать». Клюков же — одна из немногих «ягодных» фамилий, где сохранилась исходная форма без уменьшительного суффикса.

Версия о происхождении от клюки-палки кажется более надёжной: она объясняет и форму прозвища (Клюк, а не Клюква), и его распространение на севере, где клюка была предметом быта, а не только ягодой.