Фамилия Клюковкин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от имени, профессии или внешности, а от названия ягоды. В основе лежит слово «клюква». Но здесь важно разобраться с суффиксом: фамилия звучит не как Клюквин, а именно Клюковкин, с двойным суффиксальным наращением. Это указывает на то, что прозвище, от которого пошла фамилия, было не просто «Клюква», а «Клюковка» — уменьшительно-ласкательная форма. В крестьянской среде так могли назвать человека небольшого роста, румяного, с кисловатым выражением лица или даже просто любителя этой ягоды. Модель образования типична для центральной России: сначала прозвище на -ка, затем притяжательное прилагательное с суффиксом -ин (Клюковкин буквально значит «чей? — сын Клюковки»).

Интересно, что фамилия Клюковкин встречается не так часто, как, скажем, Клюквин или Клюков. Причина может быть в том, что форма на -кин закрепилась в тех говорах, где уменьшительные имена и прозвища на -ка были особенно употребительны. По данным ономастов, в частности, по исследованиям Б. Унбегауна, фамилии с таким суффиксом характерны для северных и северо-восточных областей России, но Клюковкин — скорее исключение, так как клюква — болотная ягода, и прозвище могло возникнуть именно в местах, где сбор клюквы был промыслом: в костромских, вятских, архангельских землях.

Есть и другая, менее вероятная версия: что в основе не ягода, а диалектное слово «клюка» — хитрость, крючок, изворотливость. Тогда «Клюковка» — это хитроватый человек. Но фонетически слово «клюка» дало бы фамилию Клюкин или Ключкин, а не Клюковкин. Поэтому версия с ягодой считается основной: предок, скорее всего, либо промышлял клюквой, либо получил прозвище по ассоциации с её цветом или вкусом. Сословно фамилия недворянская, типично крестьянская или мещанская, без громких исторических носителей — что только подчёркивает её бытовое, народное происхождение.