Фамилия Кебекбаева — редкий пример тюркского имени, перешедшего в русскую фамилию через азербайджанскую или казахскую языковую среду. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе на согласный прибавляется суффикс -ев (в женском роде -ева). Но главное здесь — корень «Кебек», который и определяет происхождение.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «кебек» — «отруби», «мякина», то есть измельчённая шелуха зерна. В переносном смысле так могли прозвать человека за бледный цвет лица (как мука) или за склонность к мелочности, дотошности — в народной этимологии «перебирающий отруби». Однако есть и другая, более правдоподобная версия: «Кебек» — это вариант имени Кебека, известного в истории Золотой Орды хана Кебека (XIV век). Имя имело значение «крепкий», «устойчивый» (от монгольского «кэбэг» — «броня»). В таком случае фамилия Кебекбаева — отчество от имени Кебек-бай, где «бай» означает «богатый», «господин». То есть «сын богатого Кебека».

Суффикс -баев/-баева типичен для казахских и башкирских фамилий, где он указывает на принадлежность к роду или отцу (Кебекбаев — из рода Кебекбая). В русском делопроизводстве XIX века такие фамилии часто записывали с окончанием -ев, подгоняя под привычную модель. Поэтому Кебекбаева — не случайная «русификация», а точная передача тюркского патронима через русскую грамматику.

Носители фамилии встречаются в основном среди казахов, башкир и татар, но из-за миграций XX века — и в русскоязычных регионах. Если ваши предки были скотоводами или земледельцами, прозвище «Кебек» могло возникнуть из бытовой сферы. Если же они принадлежали к степной знати — имя Кебек-бай могло быть почётным титулом. Однозначного ответа нет: обе версии рабочие, но вторая (от личного имени) надёжнее, так как в тюркской ономастике фамилии от прозвищ с «бай» встречаются реже, чем от имён.