Фамилия Кебекпаев — редкая, и её разбор требует обращения к тюркским языкам, в первую очередь к казахскому. Основа фамилии — личное имя Кебекпай, которое образовано по распространённой в казахской антропонимии модели: к основе Кебек- добавляется компонент -пай, означающий «богач, господин» или выступающий как ласкательно-усилительная частица. Имя Кебек, в свою очередь, восходит к слову «кебек» — так в тюркских языках называют отруби, мякину, то есть мелкие частицы, остающиеся после помола зерна. В имени это слово могло использоваться как прозвище по внешности (например, «мелкий, рассыпчатый»), либо как охранительное имя: считалось, что имя с «низким» значением отведёт от ребёнка злых духов и сглаз. Таким образом, Кебекпай — это «господин-отруби» или «богатый Кебек», что парадоксально сочетает «бедную» основу и «богатый» суффикс.

Фамилия Кебекпаев построена по русской патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на -й: Кебекпай → Кебекпаев. Это типичный случай русификации казахских фамилий в XIX–XX веках, когда окончание -ев или -ов добавляли к тюркским именам для приведения к стандарту русских документов. В казахской среде фамилия могла бы звучать как Кебекпайұлы (сын Кебекпая), но в метриках и паспортах закрепился именно русифицированный вариант.

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам Казахстана, а также к приграничным районам России (Астраханская, Оренбургская области), где исторически селились казахи. Встречается она нечасто — это не массовая фамилия вроде Ахметов или Смагулов, а скорее родовая, принадлежащая одному или нескольким ответвлениям одного рода. Из-за редкости носителей в открытых источниках нет известных исторических деятелей с этой фамилией, что, впрочем, не мешает проследить её словообразовательную логику.

Стоит упомянуть, что в некоторых тюркских языках слово «кебек» имеет и другие значения: в киргизском, например, «кебек» — это ещё и «плесень, налет», а в старотюркском — «мелкий, крошечный». Какой именно смысл вкладывали в имя предки носителя, сейчас сказать точно нельзя, но охранительная или прозвищная природа имени Кебек — наиболее вероятное объяснение. Фамилия Кебекпаев — пример того, как за внешне простой русской формой стоит сложная тюркская ономастическая традиция с игрой значений и социальными подтекстами.