Фамилия Кегинян — одна из тех, где корень неочевиден, а суффикс сразу выдаёт происхождение. Её окончание -ян (в дореволюционном написании часто -янц) — это типичный армянский патронимический суффикс, означающий «принадлежащий к роду такого-то». В русской традиции такие фамилии не склоняются и закрепились в основном за армянами, переселившимися в Российскую империю в XIX — начале XX века.

Основа фамилии — Кегин — вызывает споры. Самая вероятная версия связывает её с армянским именем Кегин (Кегинк), которое встречается в средневековых источниках как вариант имени Кег или Геворг (Георгий). В таком случае Кегинян — «потомок Кегина». Менее распространённая, но возможная гипотеза отсылает к топониму: в исторической Армении существовало село Кегин (на территории современной Турции, близ Эрзурума), и фамилия могла указывать на выходца оттуда. Для армянских фамилий характерны оба пути — и от имени предка, и от названия места, где жил род.

Особенность фамилии Кегинян — её редкость. В отличие от массовых армянских фамилий вроде Петросян или Арутюнян, она почти не встречается за пределами Армении и армянских диаспор. Это говорит о том, что род Кегинян, скорее всего, не был многочисленным или разветвлённым. В современной России фамилия фиксируется единичными носителями, в основном на юге страны и в Москве.

С точки зрения социального контекста, фамилия на -ян не даёт прямых указаний на сословие — в Армении такие окончания носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Узкая распространённость скорее намекает на то, что предки Кегинян жили компактно в одном регионе, возможно, в Западной Армении до геноцида 1915 года, после которого многие армянские фамилии разлетелись по миру без чёткой документации.