Фамилия Кагинян — редкий пример фамилии, корень которой не имеет очевидной славянской или тюркской этимологии, что сразу выводит её за рамки привычного ряда на -ов/-ин. Основа «Кагин» с вероятным армянским суффиксом -ян указывает на происхождение из Закавказья. В армянской ономастике суффикс -ян (ранее -янц) — патронимический, то есть фамилия означает «из рода Кагина» или «потомок Кагина». Но откуда взялось само имя или прозвище Кагин?

Здесь возможны две версии. Первая: «Кагин» — это диалектная или искажённая форма древнего армянского имени, например, от «каг» (арм. «деревня», «село») или от «каги» (вид головного убора). Вторая, более правдоподобная: основа восходит к тюркскому слову «каган» — верховный правитель, хан ханов. У армян, живших в тесном соседстве с тюркскими народами, титул «каган» мог превратиться в личное имя или прозвище: так называли влиятельного, властного человека или того, кто служил при хане. Со временем звук «г» в середине мог смягчиться, и «Каган» перешёл в «Кагин» — это типичный для армянских заимствований процесс адаптации тюркских корней.

Фамилия Кагинян — не массовая, её носители встречаются в основном в Армении и среди армянской диаспоры. В России она редка, но фиксируется в южных регионах и в Москве. Сословная принадлежность предков не прослеживается по самой фамилии: армянские фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и князья — суффикс не указывает на социальный статус. Если исходить из прозвищной версии, предок носителя фамилии мог быть либо уважаемым старейшиной, либо человеком, чем-то напоминавшим «кагана» — осанкой, характером или положением.