Фамилия Кекшаев — довольно редкая и звучит не по-русски. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками. Основа «кекш» восходит к слову «кёкюш» или «кюкюш», что в ряде тюркских наречий (особенно в башкирском и татарском) означает «синеватый», «серый» или «пепельный». Так могли прозвать человека за необычный цвет глаз, седину или, что вероятнее, за цвет одежды или масть лошади. Прозвище Кекшай или Кекша мог получить тот, кто держал лошадей сивой масти или сам ходил в сером кафтане.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских прозвищ. Многие татары, башкиры и мордва, переходя в православие, получали фамилии по имени или прозвищу отца. Кекшаев — это буквально «сын Кекшая». Хотя форма на «-ев» типична для русского языка, в самой фамилии сохранился тюркский корень, не характерный для славянских говоров.

Географически фамилия распространена в Поволжье и на Урале — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у чувашей, где слово «кӗкшӗ» означает «сизый» или «голубоватый». Чувашская версия происхождения не менее правдоподобна: прозвище могли дать за сизый оттенок кожи, глаз или за то, что человек носил одежду цвета «кӗкшӗ».

Есть и менее очевидная версия: связь с диалектным русским глаголом «кекшать» (в некоторых говорах — «кряхтеть», «охать»). Но она слабая, потому что глагол редкий и не дал других устойчивых фамилий. Основная, тюркская версия подтверждается и тем, что в тех же регионах встречаются однокоренные фамилии Кекшев, Кекшин. Все они, скорее всего, произошли от одного прозвищного имени, означавшего «сероватый» или «сизый».