Фамилия Кекшина — женская форма, а её мужской вариант Кекшин. В основе этой фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Кекша, которое могло быть образовано от редкого диалектного слова «кекша» — так в некоторых говорах называли человека с большим животом или неуклюжего, неповоротливого. Другая версия связывает корень с глаголом «кекшить», означавшим «ворчать, брюзжать» — в этом случае прозвище давали сварливому человеку.

Обратите внимание на суффикс -ин, который указывает на принадлежность: Кекшин буквально означает «сын Кекши» или «из рода Кекши». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, и была особенно распространена на севере и северо-востоке России. В отличие от более массовых фамилий на -ов/-ев, фамилия Кекшин встречается редко, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одной или нескольких деревень, где жили носители этого прозвища.

Сам корень «кек-» не имеет ясной этимологии в литературном русском языке, но хорошо укладывается в ряд диалектных слов, связанных с физическими недостатками или особенностями поведения. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования отмечены как характерные для недворянских слоёв — крестьян и посадских людей, у которых прозвища часто закреплялись за целым родом. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались в Поморье и Вятском крае, но точных архивных сведений о носителях Кекшиных нет.

Родственные фамилии — Кеков, Кековин, Кекин — встречаются чаще и тоже отсылают к тому же корню. Кекшина — более редкий вариант, который мог возникнуть из-за особенностей местного произношения или как вариант написания в документах. Сегодня фамилия встречается в основном в центральных областях России, но её носителей немного — это не массовая, а скорее семейная, локальная история, которая сохранилась благодаря тому, что прозвище оказалось точным и запоминающимся.