Фамилия Крекшина — женская форма от Крекшин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Крекша. В основе фамилии лежит диалектное слово «крекша» — так в некоторых русских говорах называли дикую утку, предположительно по характерному звуку, который она издаёт. Скорее всего, прозвище Крекша получил охотник, либо человек, чем-то напоминавший эту птицу — голосом или повадками.

Но есть и вторая, топонимическая версия. В Новгородской и Ярославской областях протекают реки с названием Крекша, а в Старорусском районе Новгородчины стоит деревня Крекша. Если предок носителя фамилии жил на берегу такой реки или был родом из этой деревни, прозвище могло закрепиться за ним по месту жительства. Такая модель — называть человека по названию реки или села — в русской ономастике встречается часто.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Крекшин, то есть сын Крекши). Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я. В документах фамилия могла писаться и как Крекшин, и как Крекшина — в зависимости от пола носителя.

Таким образом, род Крекшиных ведёт начало либо от охотника на дичь, либо от жителя новгородских или ярославских земель у реки Крекша. Обе версии правдоподобны, и, возможно, они пересекаются: например, человек, живший у реки Крекша, мог получить прозвище Крекша — и оно же стало фамилией его потомков.