Фамилия Крекшин образована от прозвища Крекша. В основе лежит слово «крекша» — так в некоторых русских говорах называли дикую утку, предположительно за характерный звук, который она издаёт. Скорее всего, Крекшей прозвали охотника, который промышлял эту птицу, или человека, чем-то напоминавшего утку — голосом или повадками.

Но прозвище могло появиться и не через птицу. В России протекают две реки с названием Крекша — в Ярославской и Новгородской областях. А в Старорусском районе Новгородской области есть одноимённая деревня. Поэтому вполне вероятно, что основатель рода Крекшиных получил прозвание по месту жительства: он был уроженцем берегов Крекши или выходцем из той самой деревни. Такая топонимическая модель встречается не реже, чем прозвища по ремеслу или внешности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Крекшин буквально означает «сын Крекши» или «человек из рода Крекши». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я.

Корень «крек-» родствен словам «крякать», «кряква» — звукоподражательный пласт, древний и устойчивый в славянских языках. Интересно, что в некоторых диалектах слово «крекша» могло означать не только утку, но и болтливого человека — это ещё одна возможная ветвь происхождения прозвища, хотя менее распространённая.

Таким образом, у фамилии Крекшин два равноправных объяснения: «охотничье» — по птице, и «географическое» — по названию реки или деревни. Что именно послужило поводом для прозвища у конкретного предка, сегодня сказать трудно, но оба варианта укладываются в логику русской ономастики.