Фамилия Кекшин — довольно редкая, но её происхождение прослеживается чётко. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который в древности указывал на принадлежность: «чей?» — Кекшин, то есть сын или человек Кекши. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Кекша.

Ключ к разгадке — в слове «кекша». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли птицу, известную как сойка или кукша (из семейства врановых). Птица эта крикливая, с ярким оперением, но в народе её не жаловали: кекша — синоним неопрятного, неряшливого человека или пустомели. Таким образом, Кекшей в старину могли прозвать того, кто болтлив, суетлив или не следит за собой. Впрочем, в дохристианской Руси были распространены «птичьи» имена-обереги (Сорока, Воробей, Гусь), и Кекша могло быть таким же мирским именем, которое давали ребёнку, чтобы отвести от него злые силы.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «кекша» означала и «кукша» — деревянный ковш или черпак. Тогда прозвище могло относиться к ремеслу: например, к бондарю или резчику по дереву, который делал такую утварь. Однако первая версия — от названия птицы — встречается в ономастических справочниках чаще и считается основной.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. Наибольшее число носителей встречается в Кировской области, Пермском крае и в старых записях по Вятке. Это косвенно подтверждает «северное» происхождение: именно в этих местах слово «кекша» в значении «сойка» было в ходу.

Фамилия Кекшин не дворянская и не купеческая — она из крестьянской или посадской среды. Её носитель в XVI–XVII веках был, скорее всего, обычным земледельцем или ремесленником, получившим прозвище от односельчан за характер, внешность или занятие.