Фамилия Кекшенова — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перевесило личное прозвище. Основа здесь — «Кекшен» или «Кекшень», и это гидроним: река Кекшень (Кокшеньга) в Вологодской области, левый приток Устьи. Человек, переселившийся с берегов Кекшени, получал прозвище Кекшен, а его потомки становились Кекшеновыми. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается в основном на Русском Севере, в Вологодской и Архангельской областях, где топонимические фамилии на -ов были обычным делом.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель, но в данном случае он работает не с личным именем, а с прозвищем по месту жительства. Форма «Кекшенова» — женский вариант, образованный по тому же правилу, что и все фамилии на -ов/-ев.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках «кекшен» могло означать что-то вроде «упрямый» или «обидчивый», однако следов такой лексики в русских говорах нет. Если бы фамилия была тюркской, она чаще встречалась бы в Поволжье или на юге, а не на Севере.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Кекшенова не упоминается — это редкая локальная фамилия, не попавшая в основные ономастические своды. Её носители, скорее всего, крестьяне или посадские люди из Вологодчины, получившие фамилию в XVIII–XIX веках при переписях, когда человека записывали по месту его прежнего жительства.