Фамилия Какшин образована от прозвища или имени Какша. В основе лежит нарицательное «какша» — так в кожевенном деле называли раствор для сгонки шерсти с кожи, обычно из собачьего помёта. Прозвище Какша могли дать человеку по ремеслу: предок носителя фамилии занимался выделкой шкур. Это довольно редкий случай, когда фамилия прямо указывает на конкретную, не самую чистую, стадию производства.

Есть и другая версия. Какша — это река в Костромской области, левый приток Ветлуги. Она берёт начало в Котельническом районе и впадает в Ветлугу выше одноимённого города. Если прозвище Какша произошло от гидронима, оно указывало на место жительства: предок жил в долине этой реки или в селении с таким названием.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин. Он присоединяется к основам на -а/-я и означает «сын Какши» или «потомок Какши». Обе версии — ремесленная и географическая — правдоподобны. Вторая выглядит даже более вероятной: гидроним Какша известен, а профессиональное прозвище от «какши» могло быть слишком специфичным и неудобным в быту. В любом случае, фамилия Какшин редкая и имеет чёткую локальную привязку к костромским землям.