Фамилия Кекштас — редкая и необычная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отбросить привычные славянские модели на -ов, -ин или -ский. Фамилия имеет литовские корни, и её разбор ведётся по законам литовской антропонимики.

Основой послужило личное имя или прозвище Kekštas, которое, скорее всего, является вариантом слова kėkštas — «сойка». В литовском языке это название лесной птицы с ярким оперением. Прозвища по названиям птиц были распространены у балтов: они могли характеризовать человека по внешности (пёстрый, заметный), по голосу (крикливый, резкий) или по повадкам (суетливый, любопытный). Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом kekšti (болтать, пустословить), тогда прозвище могло относиться к говорливому человеку.

Фамилия сохранила литовское окончание -ас, которое в русской среде не склонялось и не переделывалось под стандартные суффиксы. Это указывает на то, что носители, вероятно, были литовцами или выходцами из исторической Литвы (включая территории современной Беларуси, где литовские фамилии нередки). В XIX веке, при переписях и паспортизации, фамилию могли записать точно так, как звучало в речи: Кекштас, без русификации.

По сословной принадлежности ничего сказать нельзя — фамилия встречается настолько редко, что не привязана к какому-то одному кругу. Единственное, что можно утверждать: предок носителя получил прозвище по птице или по черте характера, а фамилия закрепилась в той форме, в какой её услышал русский чиновник или писарь. В современной России фамилия Кекштас — это почти всегда след литовских или балтийских корней в родословной.