Фамилия Кектышева — женская форма, мужской вариант — Кектышев. В основе, скорее всего, лежит не славянское, а тюркское или монгольское слово. Корень «кектыш» или «кёктыш» можно разобрать на две части: «кёк» (тюрк. «голубой», «небесный», «синий») и суффикс принадлежности «-тыш», характерный для некоторых тюркских языков (например, в казахском, алтайском). Прямое значение могло быть «синеватый», «голубоватый» — так в тюркской среде могли прозвать человека со светлыми глазами, либо того, кто носил одежду определённого цвета.

Модель образования фамилии — нестандартная для центральной России. Окончание «-ев» указывает на русскую адаптацию, но основа почти не встречается в привычных славянских прозвищах. Это даёт основание предполагать, что фамилия могла возникнуть на стыке культур — в районах, где русские переселенцы контактировали с тюркскими народами: в Поволжье, на Урале или в Сибири. Носители фамилии Кектышев исторически могли быть выходцами из татарской, башкирской, алтайской или хакасской среды, принявшими православие и русифицировавшими фамилию.

Есть и более редкая версия, связывающая фамилию с коми-пермяцким или удмуртским языком, где «кек» может означать «кукушка», а «тыш» — суффикс, образующий прилагательное. Тогда прозвище «Кектыш» дали бы человеку, похожему на кукушку — либо голосистому, либо сутулому, либо с привычкой повторять одно и то же. Но эта гипотеза менее вероятна, так как в финно-угорских языках фамилии на «-ев» редки и обычно возникали под русским влиянием.

Географически фамилия встречается редко, основная зона — юг Западной Сибири и север Казахстана. В дореволюционных переписях и метрических книгах Кектышевы фиксировались среди крестьян и казаков, что указывает на простое сословное происхождение. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.

Словообразовательный суффикс «-тыш» — редкая деталь, которая сразу отличает эту фамилию от массы. В русском языке нет продуктивной модели на «-тыш», поэтому для этимолога Кектышева — яркий маркер межэтнического контакта, а для носителя — возможная ниточка к предкам из тюркского мира.