Фамилия Кекутиа — характерный пример грузинской фамилии, образованной от географического названия. Её основа — топоним Кекути, название местности в Аджарии. Такой способ называния был распространён в Грузии: человека, переселившегося из села или урочища, часто записывали по месту прежнего жительства с суффиксом -иа, указывающим на принадлежность. Иными словами, основатель рода Кекутиа, скорее всего, был выходцем из Кекути.

Этимология самого топонима неоднозначна. Наиболее вероятная версия связывает его с абхазским словом «ҟәкы» — «плесень». В таком случае название могло относиться к сырому, замшелому участку или источнику. Менее убедительна гипотеза, возводящая фамилию к прозвищу Кекути от грузинского глагола «кeka» — «рыть». Если принять эту версию, прозвище могло быть профессиональным: так могли назвать землекопа, колодезника или пахаря. Однако связь с топонимом выглядит более прямой и естественной для фамилии на -иа.

Суффикс -иа в грузинских фамилиях (как в Дадиани, Гуриели, Кекутиа) типичен для западно-грузинского ареала, в частности для Аджарии и Гурии. Он выполняет ту же роль, что русские суффиксы -ов/-ев: обозначает «из рода такого-то» или «относящийся к такому-то месту». Таким образом, фамилия Кекутиа прямо указывает на родовое гнездо в аджарской местности Кекути, и именно этот факт стоит считать ключевым при её разборе.