Фамилия Кекутиа образована от топонима Кекути: так называется местность в Аджарии. Скорее всего, основатель рода Кекутиа был выходцем из этой местности. Сам топоним, возможно, связан с абхазским словом «ҟәкы» - «плесень». Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит прозвище Кекути, которое восходит к грузинскому глаголу keka – «рыть». В этом случае прозвище могло относиться к числу «профессиональных» именований. Например, так могли называть того, кто рыл колодцы, или же землепашца.