Фамилия Кекут — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка, глядя на окончание. Суффикс -ут характерен для украинских и южнорусских фамилий, особенно тех, что возникли в западных областях Украины (Галичина, Волынь) и в Беларуси. В русском языке такие модели встречаются реже, поэтому носители фамилии Кекут с высокой вероятностью имеют корни в украино- или белорусскоязычной среде.

Основа фамилии — прозвище Кекут. Скорее всего, оно звукоподражательное. В украинских и польских говорах «кекут» или «кекутать» могло означать голос кукушки или похожий на него звук. Человек с таким прозвищем мог отличаться манерой речи — говорить отрывисто, с характерной интонацией, напоминающей кукование. Не исключено, что Кекутом дразнили заику или человека, который часто повторял одно и то же слово. Такие прозвища по голосу или манере говорить — распространённый источник фамилий в народной среде.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным глаголом «кекнуть» (ударить, стукнуть или издать резкий звук). В этом случае прозвище могло получить человек с резким, вспыльчивым характером. Однако первая гипотеза с птичьей тематикой выглядит убедительнее, поскольку голосовые прозвища часто образуются именно через суффикс -ут (ср. фамилии Крикут, Гудут, Пискут).

Фамилия недворянская, не книжная. Она сформировалась в крестьянской или казачьей среде как уличное прозвище, которое позже закрепилось официально. В дореволюционных метрических книгах Кекуты встречаются в основном в Подольской и Волынской губерниях, а также среди терских казаков — туда переселенцы с запада принесли и фамилию.

С точки зрения словообразования фамилия Кекут стоит особняком: она не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин). Это так называемая «усечённая» или «прозвищная» фамилия, где исходное прозвище стало фамилией без изменений. Такие формы характерны для украинской ономастики (Когут, Коваль, Шевчук), и Кекут — один из её малоизвестных, но показательных примеров.