Фамилия Кендигелян — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, но механизм его превращения в фамилию нестандартен для русского языка. Основа «Кендигель» с высокой вероятностью восходит к тюркскому «кенди» (свой, собственный) и «гель» (озеро) или «гёль» (озеро, река). Вместе это может означать «своё озеро» или «озеро Кенди» — топоним, характерный для регионов с тюркским населением: Азербайджана, Турции, северного Ирана. Носитель фамилии, скорее всего, происходил из местности с названием Кендигель или жил у одноимённого водоёма.

Суффикс «-ян» — классический армянский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду. В армянском языке он присоединяется к основе, обозначающей место, ремесло или личное имя. Таким образом, Кендигелян — это «из рода Кендигеля», то есть выходец из места, которое называли Кендигель. Фамилия могла возникнуть у армян, живших в тюркоязычной среде (например, в Западной Армении или на Южном Кавказе), где топоним был заимствован и переосмыслен.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имени или прозвища отца, Кендигелян не имеет славянского суффикса. Она сохранила исходную армянскую модель словообразования, что говорит о позднем переходе в русский обиход — скорее всего, в XIX–XX веках, при фиксации фамилий в документах Российской империи. Фамилия редкая: по данным открытых источников, её носители встречаются в основном на юге России и в странах Закавказья, что подтверждает её локальное происхождение.

Других версий, например, от личного имени Кенди (гипотетического) или от профессии, нет — ни в одном из доступных ономастических словарей эта фамилия не разбирается, что типично для малочисленных родовых именований. Единственная альтернатива — опечатка или вариант фамилии Кендигелян от «кенди» в значении «сахар» (тюрк. kendi), но это менее вероятно: географическая привязка встречается в тюркской топонимии чаще, чем бытовое прозвище.