Фамилия Кензикеев, скорее всего, ведет начало от имени Кензикей, которое восходит к древнетюркско-татарскому имени Кенжекей. Чередование звуков «з/ж» в основе объясняется влиянием диалектов. Имя Кенжекей образовано от слова «кенже» — «богатство, ценность» — с помощью уменьшительно-ласкательного аффикса -кай (-кей). Такой суффикс обычно входил в состав имен, которые давали младшим детям в семье. Потомок человека по имени Кензикей со временем получил фамилию Кензикеев.

Фамилия встречается в исторических источниках начала XX века: в документах упоминается Кензикеев Шайхулла (родился в 1889 году в Башкортостане, село Буздяк; башкир). Эта запись подтверждает восточные корни фамилии и ее бытование в среде тюркских народов Поволжья и Приуралья. Однако окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований — процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда привязан к одной местности.