Фамилия Кеникеева — редкий пример, где географический и этнический ключ важнее морфологического разбора. Привычный суффикс -ев здесь не указывает на отчество от отца, а оформляет тюркскую основу по русской модели: Кеникеев + окончание -а в женском роде. Основа фамилии — мужское имя или прозвище Кеникей, которое бытует у ряда тюркских народов, в первую очередь у башкир и татар.

В тюркской ономастике Кеникей (варианты: Кинйәкәй, Кенекей) — это ласкательно-уменьшительная форма. Корень кен/кин в тюркских языках означает «широкий», «просторный», но в личных именах он часто переходит в значение «родной», «близкий». Уменьшительный аффикс -кей/-кәй (как в именах Ишкей, Уразкей) превращает слово в домашнее, почти детское прозвище. То есть Кеникей — это «широкий», «родной» или просто «малыш», «милый».

Поскольку фамилия образована от имени без дополнительного суффикса принадлежности (вроде -ов/-ин в русском), она сохраняет прямую связь с родоначальником: Кеникеевы — это потомки человека по имени Кеникей. Такая модель характерна для фамилий, которые оформились у башкир и татар в XVIII–XIX веках, когда при переписях и введении метрических книг тюркские имена адаптировали под русские патронимические окончания.

За пределами Башкортостана и Татарстана фамилия встречается редко. Её можно найти в Оренбургской, Челябинской областях и в некоторых районах Самарской области — в местах исторического расселения башкирских родов и тептярей. Вариант с одной «н» (Кеникеев) встречается чаще, чем с удвоенной, хотя в дореволюционных записях возможны колебания из-за передачи звука ы/и на слух.

Споров о происхождении корня почти нет: версия с тюркским именем Кеникей — основная и бесспорная. Попытки связать фамилию с русским «конь» или с греческим именем Кенекий не выдерживают критики — ни фонетически, ни исторически они не подтверждаются.