Фамилия Кептанар — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, и разбирать её по привычной схеме «корень-суффикс-окончание» бессмысленно: типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский) в ней нет. В основе лежит либо тюркское, либо румынское/молдавское слово, и географический след это подтверждает.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть основа «кептен» или «кептана», которая может означать «шинель», «плащ», «верхняя одежда» (ср. татарское «кәптән» — кафтан, халат). Суффикс «-ар» в тюркских языках часто указывает на деятеля или профессию. Таким образом, Кептанар — это, скорее всего, прозвище портного, специализировавшегося на пошиве верхней одежды, или человека, который её носил (например, военного в шинели). Если фамилия румынского происхождения, то «captanar» (от «căpitan» — капитан) могло означать «капитанский» или «сын капитана», но в таком случае написание обычно было бы ближе к «Кэптанар». Учитывая отсутствие румынского акута над «а», тюркская версия выглядит убедительнее.

Фамилия встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Молдавии и на Украине — то есть в зоне давних контактов славянских, тюркских и романских народов. Носители фамилии — потомки либо тюркских ремесленников (портных), либо казаков или крестьян, получивших прозвище за характерную одежду. Сословная принадлежность предков по одной фамилии не определяется: Кептанары могли быть и казаками, и мещанами, и крестьянами.

Спорных версий, по сути, нет. Иногда фамилию пытаются связать с греческим «κεπτηνάρης» (капитан корабля), но это натяжка: в греческом слово звучит иначе, а в русских документах такая фамилия не зафиксирована. Единственное, что можно добавить: фамилия не изменила форму при русификации — её не «причесали» под -ов или -ин, что говорит о позднем закреплении (XIX — начало XX века) или о сохранении самоназвания семьи.