Фамилия Кептенарь — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не русское, а румынское или молдавское слово «căpitan» (капитан). В восточнороманских языках это слово означало не только воинское звание, но и сельского старосту, выборного главу общины или даже предводителя разбойничьей ватаги в историческом контексте. К основе «кэптан» добавился суффикс -арь, который в молдавской и украинской ономастике указывает на профессию или род занятий (сравните: коваль, писарь, бондарь). Таким образом, Кептенарь — это не просто «капитан», а «тот, кто служит капитаном», «капитанствующий», человек, занимающий должность капитана или выполняющий его функции.

География фамилии подсказывает её происхождение. Кептенарь — характерная фамилия для Бессарабии (историческая область на стыке Молдавии и Украины) и для молдавских переселенцев. В документах XIX — начала XX века она встречается в списках жителей Аккерманского, Измаильского и Хотинского уездов. Это не дворянская фамилия — её носителями были в основном государственные крестьяне, мещане или отставные солдаты, которые получали прозвище по должности, а не по наследственному титулу.

Словообразовательная модель здесь необычна для великорусских фамилий. Если бы фамилия формировалась в центральной России, мы бы получили Капитанов или Капитонов (от имени Капитон). Суффикс -арь — типично западнорусский, украинский и молдавский, он же дал фамилии типа Кобзарь, Писарь, Бондарь. Поэтому Кептенарь — яркий маркер того, что предки жили на юго-западных окраинах империи, в зоне смешения языков и культур.

Встречается вариант написания Кэптенарь (с буквой «э»), который точнее передаёт румынское произношение. В русских документах фамилию часто записывали на слух, поэтому возможны искажения вроде Каптенарь, но исходная форма с «е» в первом слоге более устойчива. Фамилия не имеет отношения к военному термину «каптенармус» (заведующий вещевым складом) — это случайное звуковое совпадение, которое может ввести в заблуждение.