Фамилия Кербунова — яркий пример того, как редкое прозвище может закрепиться в русской фамильной традиции. В основе лежит мужская форма Кербунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или неканонического имени Кербун. Суффикс -ов- указывает на типичную модель русских фамилий, означающую «сын Кербуна» или «принадлежащий Кербуну».

Самая вероятная версия происхождения корня — тюркская. В тюркских языках слово «кер» может означать «упрямый», «крепкий», «сильный», а «бун» (или «бунг») — «главный», «основа», «корень». Таким образом, Кербун могло быть прозвищем для человека с несгибаемым, стойким характером, «крепкой основы». Возможна и другая трактовка: «кер» иногда переводят как «слепой» (ср. казахское «кер» — косоглазый), но в сочетании с «бун» это звучит менее правдоподобно, так как прозвища обычно строились по более прозрачной логике.

Менее распространённая, но имеющая право на существование гипотеза связывает фамилию с географическим названием. Встречаются топонимы вроде Кербун (например, урочище или хутор с таким названием могли существовать в степных регионах). В таком случае фамилия могла достаться выходцу из этого места. Однако для русской ономастики типичнее образование фамилий от прозвищ, чем от названий мелких хуторов.

Фамилия Кербунова — редкая. Её можно встретить в Поволжье и на Урале, в регионах, где исторически были сильны тюркские языковые контакты с русским населением. Это указывает на то, что предок носителя фамилии мог быть выходцем из татарской, башкирской или казахской среды, либо русским, получившим прозвище в многонациональной среде. Сословная принадлежность могла быть любой: от крестьянина до казака или мелкого служилого человека — прозвище Кербун не указывает на знатность, а описывает личное качество или внешность.

В написании фамилии обращает на себя внимание твёрдое окончание -ова, а не -ева. Это дополнительный аргумент в пользу того, что основа (Кербун) не заканчивалась на мягкий согласный или -й, что характерно для тюркских заимствований, адаптированных в русском языке без смягчения.