Фамилия Керешун — редкая, и её происхождение неочевидно. Наиболее вероятная версия связывает её с румынским или молдавским словом «cireș» (черешня). В таком случае Керешун — это либо прозвище человека, жившего у черешневого сада или торговавшего черешней, либо фамилия, образованная от названия села или местности, где росло много этих деревьев. Суффикс -ун в молдавских и румынских фамилиях часто выполняет роль уменьшительно-ласкательного или указывает на носителя признака, то есть «черешун» — это «черешневый человек» или просто «черешня».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских диалектах встречается основа «кереш» (схватка, борьба, спор). Тогда Керешун мог получить прозвище за драчливый характер или как участник состязаний. Однако эта гипотеза слабее, так как в русском и украинском ономастиконе фамилии на -ун с тюркской основой встречаются реже, чем с местной географической.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же румыно-молдавских фамилий, как Кодряну (от «codru» — лес), Мунтяну (от «munte» — гора), Брашовяну (от города Брашов). Керешун — типичный пример фамилии, которая закрепилась за человеком по месту жительства или роду занятий, и с высокой вероятностью указывает на предка из Бессарабии, Буковины или Молдовы. Написание фамилии с буквой «К» вместо «Ч» (в отличие от возможного «Черешун») — результат адаптации румынского слова «cireș» к кириллической записи, где «c» передаётся как «к».