Фамилия Кергенскова — редкая, её происхождение не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда стоит начать не с корня, а с окончания. Суффикс -ск- и окончание -а (в мужском варианте Кергенсков) выдают типичную русскую фамилию, образованную по модели, характерной для дворянских и географических фамилий: «из такой-то местности». В отличие от простых отчеств на -ов/-ев или -ин, фамилии на -ский/-ской часто указывали на владельческое село или место, откуда человек родом. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим деревней Кергенсково, либо переселенцем, получившим прозвище по названию этого населённого пункта.

Основа Кергенс- — самая загадочная часть. В ней слышен нерусский корень. С большой вероятностью, это искажённое тюркское или финно-угорское географическое название. Например, в тюркских языках есть корень «керген» (крепость, укрепление, ограда) или «кергек» (нужный, потребный). В Поволжье и Приуралье, где активно смешивались русские, татары, башкиры, марийцы и удмурты, такие названия селений не редкость. Фамилия могла возникнуть от названия деревни Кергенс (или Кергенсово), которую основал человек с прозвищем Керген — например, строитель укреплений или просто «нужный» человек.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецким корнем. В немецком есть слово «Kergen» (свечи), но это даёт мало смысла для прозвища. Гораздо правдоподобнее, что фамилия — результат адаптации тюркского имени или топонима в русской среде, где к основе прирос типичный для восточнославянских фамилий суффикс принадлежности.

Сословно фамилия Кергенсков/Кергенскова могла принадлежать не только дворянам, но и однодворцам или государственным крестьянам, жившим на южных рубежах России и получавшим фамилии по месту службы или жительства. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, сконцентрированы в одном регионе — вероятно, в бывших Казанской, Вятской или Уфимской губерниях, где тюркские топонимы встречаются особенно часто. Точных данных об известных носителях в открытых источниках нет, что только подтверждает её локальный и нетипичный для центральной России характер.