Фамилия Керкутьев — редкая и морфологически прозрачная. Её основа — «Керкуть» — не встречается в современных русских именах или нарицательной лексике, а значит, перед нами либо прозвище, либо искажённое иноязычное имя, адаптированное восточнославянским суффиксом -ев.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Керкутьев буквально означает «сын Керкутя» или «человек из рода Керкутя». Формант характерен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й, и встречается в центральных и южных регионах России, а также в среде, контактировавшей с тюркскими языками.

Самая вероятная версия происхождения — тюркская. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) есть корень «керк» или «керкут», означающий «красивый», «видный», «статный». В таком случае прозвище Керкуть мог получить человек за внешность или осанку. Менее распространённая, но возможная гипотеза связывает основу с именем Керкут (Коркут) — легендарного тюркского сказителя и мудреца, героя эпоса «Китаб-и деде Коркут». Если предок носителя фамилии был сказителем или просто получил имя в честь эпического персонажа, фамилия закрепилась бы в форме Керкутьев.

Третья, более спорная версия — от диалектного русского слова «керкуть» (керкать, каркать), подражающего крику вороны или ворона. В этом случае прозвище дали бы крикливому или хриплоголосому человеку. Однако эта гипотеза слабее тюркской, так как корень «керк» с таким значением не фиксируется в русских говорах как самостоятельное слово.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье (Татарстан, Башкирия, Оренбуржье) и на юге Урала — регионах, где веками жили смешанные русско-тюркские общины. Сословно носители Керкутьевых были, скорее всего, государственными крестьянами или однодворцами — не дворянами, но и не крепостными. Письменных упоминаний фамилии в дореволюционных родословных книгах нет, что подтверждает её «народное» происхождение.

Таким образом, фамилия Керкутьев с высокой вероятностью восходит к тюркскому прозвищу или имени, связанному с понятием красоты или эпическим наследием, и закрепилась в русской среде через модель отчества с суффиксом -ев.