Фамилия Кертанов — редкая, с неочевидной основой, и её разбор требует обращения к языкам, которые бытовали на южных и восточных границах России. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, образованная от прозвища или имени.

Самый вероятный источник — тюркское слово «керт» (или «керта»), которое в разных языках (карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) означает «зарубка», «насечка», «метка», а также «зазубрина». Прозвище Кертан мог получить человек, занимавшийся резьбой по дереву или кости, либо тот, у кого был шрам или характерная примета — как зарубка на память. Суффикс -ан в тюркских именах часто образует названия деятеля или носителя признака, так что Кертан — это буквально «имеющий метку» или «резчик».

Русский фамильный суффикс -ов присоединился к основе Кертан при оформлении фамилии, что типично для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов или в казачьих областях, где смешивались русские и тюркские элементы. Географически фамилия Кертанов встречается в основном на Северном Кавказе и в Поволжье, реже — среди донских и терских казаков.

Менее убедительная версия выводит фамилию из калмыцкого «керт» — «острый», но это сомнительно: в калмыцком языке слово не образует личных имён с суффиксом -ан. Также не стоит связывать её с финно-угорскими корнями — для этого нет ни ареальных, ни фонетических оснований. Таким образом, предок современных Кертанов, скорее всего, был тюркским ремесленником или человеком с заметной внешней приметой, а сама фамилия закрепилась в южнорусском регионе в XVII–XIX веках.