Фамилия Кертанова — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или кавказская. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на корень «керт», а на то, как фамилия образована и где могла возникнуть.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, но сама основа «Кертан» — это, скорее всего, прозвище или имя. В тюркских языках «керт» (kert) означает «зарубка», «отметина», «шрам». Отсюда «кертан» могло быть прозвищем человека со шрамом на лице или теле — приметная черта, которая легко закреплялась в качестве родового имени. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «кертан» — это «зарубка на дереве», «метка», что могло относиться к пастуху, леснику или землемеру, который ставил знаки на границах угодий.

Географически фамилия Кертанова тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью — регионам, где веками жили тюркские народы (татары, башкиры, кумыки, ногайцы), а фамилии на -ов нередко возникали при переходе в русское подданство или при записи в метрические книги. Возможна и связь с кавказскими языками: например, у осетин «керт» — «дом», «хозяйство», но такое толкование менее вероятно, так как суффикс -ан в осетинских фамилиях нехарактерен.

В русской ономастике фамилия Кертанова стоит в ряду таких же редких образований, как Кертаев, Кертиев или Кертов — все они, вероятно, восходят к одному кругу прозвищ. В отличие от массовых фамилий на -ин или -ов от крестильных имён (Иванов, Петров), Кертанова — это след конкретной жизненной ситуации: человека прозвали по внешнему признаку или занятию, и это прозвище перешло в фамилию.

О сословной принадлежности носителей Кертановой точных данных нет, но если исходить из модели, то это могли быть и крестьяне, и казаки, и представители тюркских служилых родов. Сейчас фамилия встречается очень редко, в основном в документах по Татарстану, Башкортостану и Ставропольскому краю.