Фамилия Кешикбаев — редкий пример, где географическая и этническая привязка важнее морфологического разбора. Основа здесь — тюркское имя или прозвище Кешикбай, а суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий у многих народов бывшей империи, особенно у казахов, башкир и татар.

Разберём имя-основу. «Кешик» в тюркских языках может означать «поздний» или «запоздалый» — так могли назвать ребёнка, родившегося после долгого ожидания или в зрелом возрасте родителей. Вторая часть «бай» — традиционный компонент тюркских имён, означающий «господин», «богач», «хозяин». Получается: «поздний богач» или «запоздалый хозяин». Впрочем, есть и другая версия: «кешик» иногда связывают с понятием «очередь» или «смена» (например, караульная смена), но в личных именах такое значение встречается реже. Первая гипотеза — с «запоздалым ребёнком» — выглядит убедительнее, поскольку подобные имена (Кутлыбай, Туйбай) часто описывали обстоятельства рождения.

Фамилия Кешикбаев почти наверняка казахского происхождения. Суффикс -ев (а не -ов) типичен для фамилий, образованных от имён на мягкий согласный или на -й: Кешикбай → Кешикбаев. В русской среде такая фамилия встречается редко, сосредоточена в Казахстане и среди казахской диаспоры. Социально предки носителя, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а само имя давалось в быту, без связи с сословием или знатностью.

Примечательная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий на -ов/-ев, которые массово закрепились в советское время, Кешикбаев сохраняет редкую основу, не превратившуюся в популярные варианты вроде Кешиков или Кешикбай. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в конкретном роде или ауле и не распространилась широко. Если искать однокоренные варианты, то Кешикбаев родственен фамилиям Кешиков (с усечением «бай») и Кешикбай (без русификации), но последняя встречается ещё реже.