Фамилия Кетнер чаще всего указывает на немецкое или австрийское происхождение. Её основа — либо географическое название, либо профессиональное прозвище, и обе версии имеют под собой реальную почву.

Наиболее вероятно, что фамилию образовали от топонима Кеттен (Ketten). Несколько мест с таким названием существует в Германии, в том числе Кеттен — немецкое имя чешского местечка Chotyně. Выходцы из этих мест получали прозвище Кеттнер, то есть «тот, кто из Кеттена». Интересно, что на территории Украины и Белоруссии есть однокоренные топонимы: Хотин, Хотынь, Хатынь. Эта параллель не случайна — все они восходят к одному древнему корню, означающему «желанное», «милое место».

Вторая версия связывает фамилию с ремеслом. Немецкое слово Kette (цепь) дало прозвище Кетнер — так могли называть мастера, который изготавливал цепи или работал с ними. Эта модель образования типична для немецких фамилий: суффикс -er указывает на профессию (ср. Мюллер — мельник, Шнайдер — портной). Прозвище могло закрепиться за кузнецом, слесарем или даже тюремщиком, ведь цепи — атрибут не только ремесла, но и стражи.

Существует и третье, менее распространённое предположение: Кетнер — вариант австрийской фамилии Köther. Она происходит от слова Kote — «хижина», «дом поденщика». В этом случае фамилия указывала на социальный статус: её носитель жил в маленьком домике и работал по найму. Однако эта гипотеза уступает двум первым по убедительности, поскольку звуковой переход ö → e в немецких фамилиях встречается редко.

Документальные подтверждения разбросаны по разным регионам. В Сведениях Одесского академического центра упомянут Кетнер Иван Иванович, родившийся в 1892 году в Риге (Латвия). Также известен немецкий каменщик Кетнер Отто Вильгельмович, рождённый в 1892 году в Бранденбурге (Германия). Эти примеры показывают, что носители фамилии встречались как в Прибалтике, так и в центре Германии, что подтверждает её немецкие корни.

Словообразовательная модель проста: основа Ketten/Kette + суффикс -er. В русском языке фамилия писалась без удвоения «т» — Кетнер, хотя в оригинале могла быть и форма Kettner. Такое упрощение — обычное дело при адаптации немецких фамилий в Российской империи.