Фамилия Кежаева образована от мордовского личного имени Кежай. На русский язык это имя переводится как «злой». Подобные имена с отрицательным значением — не редкость у многих народов, в том числе мордовских. Их давали детям с обережной целью: считалось, что имя-оберег оттолкнет злых духов, а ребенок вырастет добрым и отзывчивым. Надеясь на противоположный результат, родители нарекали сына Кежаем, чтобы потом, вопреки смыслу имени, получить дружелюбного и внимательного мальчика.

По модели образования фамилия относится к типично русскому типу на -ев. Суффикс присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или йот: Кежай → Кежаев. Первоначально такая форма указывала на принадлежность — «чей?» — и означала «сын Кежая» или «из семьи Кежая». Со временем родовое прозвание закрепилось за потомками и перестало зависеть от имени конкретного главы семьи.

Фамилия Кежаевы встречается в исторических документах. В Книге памяти Ульяновской области упомянут псаломщик Кежаев Денис Павлович, родившийся в 1879 году в селе Баевка. Эта запись — одно из немногих документальных свидетельств бытования фамилии в дореволюционной России. Псаломщик — низший церковный чин, помощник священника, что указывает на возможную принадлежность предков к церковной среде или, по крайней мере, на грамотность и близость к приходу.

Фамилия редкая, её распространение в основном связано с территориями, где исторически проживали мордовские народы: Поволжье, Ульяновская, Самарская, Нижегородская области. Встречаемость за пределами этих регионов, скорее всего, результат миграций XX века.