Фамилия Кежапкина — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии и, скорее всего, уходит в финно-угорские языки. Если отбросить типичный русский суффикс -ин (который указывает на принадлежность: «чей?» — Кежапкин, то есть сын или потомок Кежапки), остаётся основа «Кежапк-». В ней легко угадывается имя или прозвище Кежапка, которое могло возникнуть от карельского или вепсского слова «kežäp» — так в некоторых диалектах называли кузнеца или человека, работающего с металлом. Версия не надуманная: на северо-западе России, особенно в бывшей Олонецкой губернии (территории современной Карелии, Вологодской и Ленинградской областей), фамилии с похожей фонетикой встречаются до сих пор, и ремесленные прозвища там были обычным делом.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского «кежап» (редкий, особенный) с добавлением уменьшительного суффикса -ка. Но против неё говорит география: фамилия Кежапкина почти не встречается в Поволжье или на Урале, где тюркское влияние сильнее. Зато в метрических книгах XIX века можно найти носителей этой фамилии в Олонецком уезде — плотников, кузнецов и крестьян, что косвенно подтверждает «ремесленную» гипотезу.

Сама модель образования — суффикс -ин — типична для русских фамилий, произошедших от прозвищ на -а/-я. Если бы основа была Кежап, а не Кежапка, мы бы получили Кежапов. Но уменьшительная форма Кежапка говорит о том, что прозвище дали либо молодому человеку, либо оно было скорее бытовым, неофициальным. В итоге фамилия Кежапкина — это, скорее всего, память о предке-кузнеце из карельских или вепсских деревень, чьё прозвище обрусело и закрепилось в документах.