Фамилия Кержапкины — редкая, и её разговорный, почти «домашний» суффикс -кин сразу выдаёт её происхождение из северных или центральных областей России, где такие формы (вроде Петькин, Васькин) были нормой. Но основа здесь не от имени, а от прозвища или профессии.

Самая вероятная версия — связь с этнонимом «кержаки». Так на Урале и в Сибири называли староверов, бежавших от реформы Никона за Волгу, в леса по реке Керженец (Нижегородская область). Кержаки были замкнуты, держались своей веры и быта. Если предка прозвали Кержаком, то его сын или внук мог получить фамилию Кержапкин — с уменьшительным или уничижительным суффипсом -апк-, который в русских говорах иногда добавляли к прозвищам, чтобы смягчить звучание (ср. Гришапка, Ванька → Ванькапка). То есть Кержапкин — это «маленький кержак» или «сын кержака».

Есть и более прозаичная версия: от диалектного слова «кержапка» — так на Севере могли называть корявое дерево, пень или даже неуклюжего человека. В этом случае фамилия указывала бы на внешность или характер первого носителя. Точных данных о географии фамилии Кержапкины мало, но по косвенным признакам — редкий суффикс и этническая основа — её корни стоит искать в Заволжье или на Урале, среди старообрядческих поселений. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается: скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, и фамилию закрепили за ними уже после отмены крепостного права, в XIX веке.