Фамилия Кержаев ведет начало от прозвища Кержак. Так на Урале, в Сибири и Поволжье называли староверов. Слово пошло от реки Керженец в Нижегородской области — одного из центров старообрядчества после церковного раскола XVII века. Кержаками звали не любого приверженца старой веры, а именно тех, кто уходил в леса и скиты, держался обособленно, вел строгий быт. Позже в народной речи «кержак» стало нарицательным для любого замкнутого, сурового человека, а иногда и просто для уроженца тех мест.

Модель образования типична для русского Севера и зауральских территорий: основа Кержа(к) плюс фамильный суффикс -ев. Фонетический переход «к» в «ев» объясняется тем, что прозвище Кержак давало форму Кержа — отсюда Кержаев, а не Кержаков. Хотя фамилия Кержаков тоже встречается, но реже. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Кержака» или «из рода Кержаковых».

Географически Кержаевы — типичная фамилия для Нижегородской, Кировской областей, Пермского края и Удмуртии. В XIX веке она фиксируется среди государственных крестьян и мещан, то есть не была дворянской или купеческой. Интересная деталь: в некоторых переписях фамилию писали через «о» — Кержоев, что отражает местное аканье или особенности записи на слух.

Однокоренные фамилии — Керженцев (по реке Керженец) и Кержаков. Но Кержаев стоит особняком: если Керженцев указывает на конкретную географию, а Кержаков — на прямое прозвище, то Кержаев подчеркивает именно родственную связь, семейную принадлежность к старообрядческой среде. В современной России фамилия не редкая, но сохраняет четкий региональный отпечаток — ее носители чаще всего потомки тех самых уральских и заволжских староверов.