Фамилия Кержакова — женская форма фамилии Кержаков, и её ключ лежит не столько в личном имени, сколько в географии и прозвище. Основа фамилии — «кержак». Так в старообрядческой среде называли человека, связанного с рекой Керженец в Нижегородской области.

Керженец был одним из главных центров старообрядчества в XVII–XIX веках. После церковного раскола беглые староверы селились в глухих заволжских лесах вдоль этой реки. «Кержак» — не просто житель тех мест, а устойчивое прозвище для любого старообрядца, приверженца «древнего благочестия». Фамилия образована по типичной русской модели: прозвище + суффикс принадлежности -ов (у мужчин) и окончание -а у женщин. То есть Кержаков — буквально «сын Кержака» или «человек из рода Кержаков».

Слово «кержак» в народной речи имело яркий оттенок: так называли не просто любого старовера, а человека стойкого, замкнутого, часто консервативного в быту и вере. В Сибири, куда многих кержаков сослали или куда они бежали сами, прозвище закрепилось за целой этнографической группой русских — «кержаки». Носитель фамилии Кержакова, таким образом, почти наверняка ведёт род от потомственных староверов, возможно, выходцев из Заволжья или сибирских переселенцев.

Фамилия встречается в основном на Урале, в Сибири и Поволжье — там, куда расселялись старообрядцы. С точки зрения словообразования, это редкий случай, когда в основе не профессия и не крестильное имя, а целое культурно-религиозное явление, закрепившееся в прозвище.