Фамилия Кержаковы — редкий случай, когда географическое прозвище напрямую связано с религиозным расколом XVII века. В основе лежит слово «кержак» — так в Поволжье и на Урале называли староверов. Происхождение прозвища привязано к реке Керженец в Нижегородской губернии: после церковной реформы патриарха Никона именно в лесах по Керженцу селились раскольники, бежавшие от преследований. Со временем «кержак» стало нарицательным именем для любого старообрядца, независимо от места жительства.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Кержаков — сын Кержака, то есть потомок человека, которого в округе знали по прозвищу, связанному со староверием. Окончание -ы в форме множественного числа (Кержаковы) — стандартный способ обозначения рода или семьи в целом.

Интересно, что фамилия распространена не в Нижегородской области, где находится Керженец, а в северных и уральских регионах — Архангельской, Вологодской губерниях, Пермском крае. Это объясняется историей: «кержаками» чаще называли переселенцев-старообрядцев, которые уходили ещё дальше на Север и Урал, подальше от властей. Там прозвище закреплялось за целыми семьями и давало фамилию.

Версия о тюркском происхождении (от слова «кержак» в значении «упрямый, крепкий») существует, но лингвисты считают её маловероятной — слишком сильна привязка к конкретному историческому явлению. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна прямо связывает фамилию с этнонимом «кержак» в значении «старообрядец».

Таким образом, носители фамилии Кержаковы — потомки тех, кто держался старой веры и старого обряда, уходил в глухие леса и на дальние реки, чтобы сохранить свой уклад. Прозвище, данное когда-то за религиозную стойкость, со временем стало фамильным именем.